Son cuatro las principales causas de pérdida de biodiversidad:
1.-Pérdida o fragmentación del hábitat: se produce cuándo la especie pierde su hábitat o éste es fragmentado, con lo cual puede perder la capacidad de reproducirse. Por ejemplo, si construyen una carretera puede quedar a un lado el macho y al otro la hembra, así no se pueden cruzar y tener descendencia.
También ocurre con los osos polares, ya que con el cambio climático se están fundiendo los polos, cada vez tienen menos espacio de vida y como se vé en la imagen puede quedar aislado de los otros miembros y de alimento.
2.-Extinción en cadena: como su nombre indica se van extinguiendo especies que están relacionadas de determinada manera. Por ejemplo pueden estar relacionadas tróficamente, es decir, que mantienen relaciones alimenticias. Por ejemplo, si un mirlo se alimenta de un gusano y éste se extingue el mirlo acabará extinguiéndose, ya que el mirlo se quedará sin alimento.
3.- Introducción de especies exóticas: si se introduce una especia que no es autóctona de un lugar, ésta entrará en competencia con las especias autóctonas y en determinados casos endémicas. Le quitará el alimento y puede comerse sus huevos o crías. En España ha ocurrido con la tortuga de Florida (que ha sido introducida) y la tortuga Galápago leproso (que es autóctona del Parque Nacional de Doñana). La tortuga de Florida (la más común entre los animáles domésticos) entró en competencia con la de Galápago y le comió los huevos y el alimento.
4-.Sobreexplotación: Ocurre sobre todo en las selvas amazónicas o de la India. Los subsuelos de esas selvas son muy ricas en minerales importantes para cierto tipo de cosas. Por ejemplo la bauxita, que es el mineral del que se extrae el aluminio; o el coltán que es un mineral que llevan todos los teléfonos móviles, reproductores multimedia, etc. Para extraer estos minerales hay que deforestar todo el bosque. También se deforesta para plantar nuevas plantas de crecimiento rápido como la palma, que dá el aceita de palma que se usa para fabricar cierto tipo de velas. A veces se plantan campos de pasto para vacas u otros animales.
Además de quitarle el hábitat a ciertos seres vivos se explotan a los habitantes de estas zonas que suelen ser del tercer mundo.